Die Terroristen entpuppen sich als Mitglieder der Spezialeinheit FOXHOUND. Falls die Regierung der Vereinigten Staaten den Forderung der Terroristen nicht innert 24 Stunden nachkommt, soll ein atomarer Schlag gegen „ausgewählte" Länder folgen. Angesichts dieser bis anhin grössten, terroristischen Gefahr für die Menschheit wird der ehemalige Agent und Ex-FOXHOUND Member Solid Snake (Code-Name) beauftragt, in die besetzte Raketenbasis einzudringen, die Terroristen zu eliminieren und die Basis zu „entwaffnen".

Anfangs der 90er Jahre gründeten die USA die High-Tech-Spezial-Truppe FOXHOUND um lokalen Rebellionen, Kleinkriegen und terroristischen Aktivitäten entgegenzuwirken. Diese Untergrund-Organisation kam erst dann zum Einsatz, wenn militärische und politische Mittel nichts mehr ausrichten konnten. Zu Beginn des 21. Jahrhunderts wurde die Einheit völlig zur Anti-Terror-Truppe umfunktioniert. Die Soldaten wurden zu diesem Zweck einer speziellen und neuentwickelten GEN-Therapie unterzogen und die erste Generation GENOMEs (weiterentwickelte Menschen) wurde herangezüchtet. Diese „Soldaten" nannte man SPACE SEALS.

Metal Gears können mit ihrer unglaublichen Agilität und Nutzlast mehrere Dutzend nukleare Raketen durch jegliches Gelände transportieren und effektiv zum Einsatz bringen.  

Bestückt mit Vulcan MGs, Stinger-Missiles und modernster Lasertechnologie entgeht ihnen kaum etwas.